JMeter5.3 のクラスタ環境を作って、CLI から JMeter を実行すると表題のエラーが出たんですね。
... end of run The JVM should have exited but did not. The following non-daemon threads are still running (DestroyJavaVM is OK): Thread[DestroyJavaVM,5,main], stackTrace: Thread[AWT-EventQueue-0,6,main], stackTrace:sun.misc.Unsafe#park java.util.concurrent.locks.LockSupport#park at line:175 java.util.concurrent.locks.AbstractQueuedSynchronizer$ConditionObject#await at line:2039 java.awt.EventQueue#getNextEvent at line:554 java.awt.EventDispatchThread#pumpOneEventForFilters at line:187 java.awt.EventDispatchThread#pumpEventsForFilter at line:116 java.awt.EventDispatchThread#pumpEventsForHierarchy at line:105 java.awt.EventDispatchThread#pumpEvents at line:101 java.awt.EventDispatchThread#pumpEvents at line:93 java.awt.EventDispatchThread#run at line:82 Thread[AWT-Shutdown,5,system], stackTrace:java.lang.Object#wait sun.awt.AWTAutoShutdown#run at line:314 java.lang.Thread#run at line:748
どうも、シナリオ内にスクリプトレコーダを入れていると、CLI モードで実行した際に処理が正常に終了しなくなる不具合があるとのことです。
https://bz.apache.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=64479
対応としては、シナリオ中のスクリプトレコーダを削除すればよいようです。